A criação de São Francisco de Goiás remonta a 1740, quando garimpeiros encontraram terras férteis ao sul do garimpo de exploração de ouro na Serra dos Jaraguás, no lugar denominado Furado, hoje Fazenda Cachoeira de Santo Antônio. De acordo com moradores locais, com o decorrer do tempo foram se formando diversas fazendas. Em uma dessas fazendas, às margens do Córrego da Raposa, pertencente a Francisco de Chagas de Assis, foi por ele construída uma capela de palha. Periodicamente, em companhia de lavradores vizinhos, ele rezava terço em louvor a São Francisco. À medida que as terras eram cultivadas, surgia um aglomerado de casas, originando aí o povoado de São Francisco das Chagas, cujas terras foram doadas por Silvestre Francisco de Almeida, por volta de 1850, e a economia se firmava na agricultura. Mais tarde, a região passou a denominar-se Arraial de Chagas.
    A cidade promove as Cavalhadas desde 1850, uma das mais importantes e significativas celebrações do calendário cultural do Estado. Realizada entre os meses de junho e setembro, após a romaria do Divino Pai Eterno, os festejos foram trazidos para os municípios goianos há mais de dois séculos, durante o Ciclo do Ouro. Remetendo às tradições de Portugal e Espanha, as manifestações mesclam religiosidade, fé, cultura, turismo, economia e valorização do patrimônio imaterial do Estado. 

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