O povoado que deu origem a Guarani de Goiás surgiu em 1915, em torno de capela em louvor de Nossa Senhora da Abadia. As famílias que chegaram logo formaram o povoado de Riachão, denominação da fazenda pertencente aos pioneiros Vicente José Valente e Miguel Arcanjo dos Santos. O município foi criado em 8 de novembro de 1963, por força da Lei Estadual nº 4.840, desmembrado-se de São Domingos (Goiás), do qual era distrito. Possui a maior jazida de calcário da América Latina, e é uma das cidades que abriga o Parque Estadual Terra Ronca.
Possui várias cachoeiras, como a Cachoeira do Freio, a Cachoeira 7 Quedas, a Cachoeira São Bernardo, a Cachoeira das Palmeiras, entre outras. Além disso, possui outros atrativos, como a Caverna São Bernardo, e a Fazenda Serra Negra.